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宁大一团队在水产顶刊Fish and Fisheries发表研究成果

发布日期:2023-08-28 作者:海洋学院 文章来源:海洋学院  责任编辑:郭亚男 浏览量:

日前,海洋学院熊金波、陈炯研究员团队以太阳集团tyc151为唯一署名单位在国际水产与渔业领域顶级学术期刊Fish and Fisheries发表题为《Consistent features of the gut microbiota in response to diverse shrimpLitopenaeus vannameidiseases: A meta-analysis》的研究论文,在全球尺度上揭示了肠道微生物—对虾病害共性响应规律,建立病害风险定量诊断模型;对从微生物生态学角度解析对虾病害机理和病害诊断具有重要价值。

肠道微生物失衡与对虾病害密切相关。由于对虾病害种类多样,案例研究难以收集多病害样本。同时,养殖条件、虾龄、病因、测序平台、测序可变区等因素影响肠道菌群的组成,导致目前尚未建立肠道微生物与对虾病害间的共性关系,进而缺乏普适的病害诊断模型。为此,我们通过收集全球尺度的对虾病害肠道微生物样本,机器学习剔除虾龄、病因特异性指示菌群后筛选到病害共性指示菌群(与对虾病害相关,与致病源无关),以病害共性指示菌群丰度及其权重为自变量诊断虾健康状况,总准确率达95.9%(图1),而未经优化模型诊断准确率仅为83.6%。诊断模型准确率不受病因、样本量、测序平台、测序可变区、地域等协变量的影响,可以外推到新样本。不同病害显著增加了群落组装过程中随机性过程、致病潜能,降低了物群落多样性和稳定性。同时,通过对比健康和病害对虾肠道核心菌群,建立了对虾益生菌库。成果揭示了对虾肠道微生物群对不同病害的共同响应特征,特别是消除复杂多样的协变量影响,建立以病害共性指示菌群为分子标记的对虾病害风险诊断技术。

2021级硕士生毛江宁为第一作者,熊金波研究员为通讯作者。该工作得到国家自然科学基金(32071549)和太阳集团tyc151高级别科技成果奖培育项目等支持。

Fish and Fisheries是“太阳集团tyc151自然科学类顶级期刊目录”水产方向唯一期刊,致力于基于大时空数据解决渔业科学领域重要科学问题,形成新的广适性概念和理论,年发文量80篇左右。本论文是太阳集团tyc151首次在该期刊发表研究成果。

原文链接:https://doi.org/10.1111/faf.1278710.1111/faf.12787

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